Em 1937, é criado o Serviço do Patrimônio Histórico e Artístico Nacional -SPHAN-, para o qual foi designado diretor o arquiteto Lucio Costa. Entre seus primeiros trabalhos esteve o estudo para preservação e recuperação dos assentamentos jesuíticos do Rio Grande do Sul, entre os quais se destacava o sítio da igreja de São Miguel Arcanjo, pertencente aos Sete Povos das Missões.
A imponência das ruínas e a quantidade de obras de arte encontradas fizeram com que Lucio Costa propusesse um museu para reunir os achados e expô-los no próprio lugar.
O museu foi construído com elementos construtivos e materiais provenientes das ruínas, e de maneira similar a um alpendre missioneiro. Inicialmente imaginado como um simples abrigo aberto para as obras de arte, o Museu recebeu pouco tempo após sua inauguração um fechamento de painéis de vidro transparente, igualmente proposto por Lucio Costa.
Pese a sua extrema simplicidade formal e delicadeza construtiva, o Museu das Missões ainda é um projeto controverso em términos de intervenção patrimonial e fonte de investigações.
Indagações sobre futuro e utilidade, manutenção e reutilização de ruínas, imagem do antigo e construção do novo, constraste, simultaneidade, anacronismo, transparência, opacidade… foram proclamadas pelo arquiteto carioca setenta anos atrás.
Em certos escorços, o Museu é um enquadre transparente das ruínas; em outros, é ele próprio, opaco, a peça principal, desinteressada, do gozo artístico.
